O Ministério Público Federal (MPF) ofereceu três denúncias contra o prefeito de São João do Paraíso, José Aldo Ribeiro Souza. O prefeito é acusado de desvio e apropriação de dinheiro público, destinados ao Programa Bolsa Família, fraude em licitação e superfaturamento de obras em escolas do município.

Em denúncia oferecida pelo procurador regional da República, Marcelo Serra Azul, em 18 de abril, o prefeito é acusado de desvio e apropriação de recursos públicos federais que foram repassados ao município pelo Ministério do Desenvolvimento Social e Combate à Fome, por meio do Fundo Nacional de Desenvolvimento Social. O tesoureiro de São João do Paraíso, Protásio dos Santos Santana, e o gestor do Bolsa Família do município, Domingo de Assunção, também foram denunciados por desvio de repasses.
Em 2008, o ministério transferiu ao município recursos que totalizaram o valor de R$ 30.648,23, sendo que R$ 14.565,00 teriam sido desviados, ou seja, cerca de 50%. A aplicação na gestão das verbas ocorreu sem comprovação documental, tais como notas de empenho, ordens de pagamento, notas fiscais, faturas ou recibos. Segundo a denúncia, foram emitidos cheques em favor de terceiros, com evidente desvio de finalidade. O documento destaca que “a estratégia de emitir cheques de menor valor, permite que não se chame a atenção para os desvios ocorridos, sendo que com a proximidade do fim do mandato buscou-se desviar as verbas que sobraram em prol do município em detrimento do Programa Bolsa Família”.
A análise da prestação de contas de 2008 também demonstrou que os recursos destinados ao Bolsa Família foram utilizados em manutenção do prédio da Secretaria Municipal de Assistência Social (SMAS), funcionamento do conselho tutelar de São João do Paraíso, pagamentos por serviços de publicidade, sem a devida comprovação de sua finalidade. Houve gastos, inclusive, com a contratação de profissional cabeleireiro, por um período de quatro meses, sem a devida assinatura de contrato.
O prefeito é acusado ainda de realizar despesas sem a deflagração de procedimento licitatório regular com recursos do Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação (Fundeb), totalizando o valor de R$ 333.169,69. Os recursos foram usados para a contratação de produtos como materiais de higiene e limpeza, elétrico, serviços gráficos, material de expediente e construção, combustível, livros didáticos e serviços como locação de veículos e imóvel. A denúncia foi oferecida pelo procurador regional da República Ronaldo Albo, em 11 de março. 
Conforme relatório de informação técnica conclusivo emitido pelo Tribunal de Contas do Estado do Maranhão, as contas públicas foram julgadas irregulares, por não ter sido respeitado o procedimento licitatório.
Outra denúncia foi oferecida contra o prefeito, mas corre em sigilo. O MPF aguarda o recebimento das denúncias pelo Tribunal Regional Federal da 1ª Região (TRF1), em Brasília. Se condenado por fraude em licitação, o réu poderá cumprir de três a cinco anos de prisão, e multa. Por apropriação de bens e desvio de recursos, os acusados podem pegar de 2 a 12 anos de reclusão.