Em decisão da Comissão Disciplinar do Tribunal de Justiça Desportiva do Maranhão, o São José perdeu 16 pontos no Campeonato Maranhense. Por unanimidade, a equipe ribamarense foi punida por utilização de jogadores irregulares em quatro partidas do primeiro turno. A infração foi baseada nos artigos 191 e 214 do CBJD, que falam de deixar de cumprir regulamento de competição e sobre utilização de atletas de forma irregular. No caso do São José, o clube realizou transferência de jogadores com o Sampaio Corrêa, time da mesma competição. Ação não permitida pelo regulamento do Campeonato Maranhense 2016, segundo o artigo 16, no parágrafo segundo. O São José foi punido nos pontos em disputa dos jogos contra o Sampaio (27/01), Araioses (30/01), Moto (03/01) e Sampaio (11/02). Além dos 12 pontos nestas quatro partidas, o clube ainda perdeu mais quatro, conquistados na vitória sobre o Araioses (30/01) e no empate diante do Sampaio (11/02). A decisão foi tomada em primeira instância e cabe recurso no próprio TJD-MA. Com a perda dos 16 pontos, o São José fica com oito pontos negativos na classificação geral do Campeonato Maranhense.