A instrução define os princípios para a análise dos processos de licenciamento. Entre eles estão a precaução pela sociobiodiversidade; a autonomia dos povos indígenas; o respeito a sua organização social, usos, costumes, línguas, crenças e tradições; e os direitos originários sobre as terras. Segundo a instrução normativa, a análise deve ser feita com a participação e cooperação dos povos indígenas interessados, respeitando suas tradições e instituições representativas.