Mário Couto foi alvo de um processo aberto pelo Ministério Público do Pará que investiga supostas irregularidades em licitações e pagamento de servidores da Assembleia Legislativa do Pará, da qual ele foi presidente. No dia 24 de outubro último, o juiz Elder Lisboa, da 1ª Vara da Fazenda de Belém, determinou o bloqueio dos bens do senador Mário Couto e de outros cinco acusados de participação em fraudes na Alepa. No processo, a acusação é de um rombo superior a R$ 13 milhões.